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Smart 細菌完成圖是指先用高準確度的二代數據( Illumina或BGI-seq)對基因組進行組裝,組裝過程中使用Nanopore長序列對有分支的點進行覆蓋,連接成完成圖,最后再用二代數據進行糾錯。該策略可以快速得到高質量的細菌基因組完成圖,錯誤率降低到0.001%水平。

Smart細菌完成圖的優勢
更快捷:測序完成后一周內完成全部分析內容。
更經濟:用更少的經費獲得更多成果。
更準確:二代數據決定準確度,錯誤率低至0.001%;較使用三代數據直接組裝后糾錯錯誤率降低一個數量級。
無偏好:無GC偏好,全基因組均勻覆蓋,高GC/低GC基因組首選。



GC content 72.5735%
Size 6.4Mb
Depth of Illumina 297
Depth of Nanopore 152
Coverage of Illumina 99.9997%
Coverage of Nanopore 100.0000%
Miss Base of Illumina 19bp
 
應用方向
病原微生物:人類感染、動物感染、植物感染等
工業方向:抗生素生產、酸奶發酵、能源利用等
環境科學:微生物資源利用、重金屬治理、外來無所謂防御控制、極端環境微生物等

文獻推薦
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Michelle T S , Settlage R E , Lahmers K K , et al. Fusobacterium Genomics Using MinION and Illumina Sequencing Enables Genome Completion and Correction[J]. Msphere, 2018, 3(4).
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